El Instituto Rafael Ariztía se organiza en cuatro secciones educativas, las cuales tienen un director y un inspector autónomo y a cargo de los cursos. A su vez, en cuanto a la infraestructura, cada sección posee su patio, lo que hace que en el Colegio estén marcadas las delimitaciones entre uno y otro.

La primera Sección, de los niños más pequeños, es la Inicial, de la cual forman parte los cursos desde Pre-kínder a Segundo Básico. Siendo Pre-Kínder y Kínder los años que componen el Jardín Infantil. Su directora es Ximena Cofré y su encargada de convivencia Jacqueline Bahamondez.

Luego, los alumnos de Tercero Básico a Sexto Básico conforman la Sección Básica, la cual es dirigida por María Francisca Pizarro y cuyo encargado de convivencia es Avelino Fernández.

Al pasar a Séptimo, los alumnos forman parte de la denominada Sección Media Inicial, la cual envuelve a los cursos hasta Segundo Medio y tiene como director a Alex Castillo, acompañado por la encargada de convivencia Elizabeth Murúa.

Los alumnos más grandes de nuestro Colegio, más precisamente los jóvenes que cursan Tercero y Cuarto Medio, forman parte de la Sección Media Especializada, la cual tiene la particularidad de separarse según tres áreas curriculares: humanista, biólogo y matemático. La Sección EME es dirigida por Sandra Vicencio y sus encargados de convivencia Washington Rodríguez y Felipe Pacheco.